در ۲۶ تیر ۱۳۸۳آیت الله خامنه ای طی حکمی جنتی و رضوانی را مجدد و مدرسی یزدی را برای اولین بار به عنوان فقهای شورای نگهبان منصوب کرد. در همین روز هاشمی شاهرودی رئیس وقت قوه قضائیه پنج حقوقدان را به مجلس معرفی کرد که از بین آقایان محمدرضا علیزاده، غلامحسین الهام، عباس کعبی، فیروز اصلانی و جمال کریمی راد، سه نفر اول به عنوان حقوقدان به عضویت شورای نگهبان درآمدند.
در اول آذر ۱۳۸۴ عباسعلی کدخدایی به عنوان سومین سخنگوی شورای نگهبان انتخاب شد و تا سال ۱۳۹۲ بی وقفه در این سمت فعالیت کرد. کدخدایی در فاصله سالهای ۸۶-۸۸ نتوانست رای لازم را از مجلس بدست آورد و وارد شورای نگهبان شود اما همچنان به عنوان سخنگوی شورا فعال بود.
در ۲۶ خرداد ۱۳۸۶ در اتفاقی نادر پس از استعلام رئیس مجلس از شورای نگهبان در مورد اینکه «آیا عضویت در شورای نگهبان شغل محسوب می شود؟» اعضای شورا نتوانستند در این مورد به جمع بندی مشخصی برسند!
در تیرماه ۱۳۸۶ مجددا آیت الله خامنه ای طی حکمی آقایان محمد یزدی، محمد مومن و صادق لاریجانی را به عنوان فقهای شورای نگهبان منصوب کرد. هاشمی شاهرودی رئیس وقت قوه قضاییه نیز شش حقوقدان شامل محسن اسماعیلی، حسینعلی امیری، ابراهیم عزیزی، عباسعلی کدخدایی، علی رازینی، و محمد صادق موسوی را به مجلس معرفی کرد که دو نفر اول یعنی محسن اسماعیلی و حسینعلی امیری حائز رای لازم شدند و برای انتخاب نفر سوم، قوه قضائیه بار دیگر چهار نفر قبلی را معرفی کرد که این بار ابراهیم عزیزی به عضویت شورای نگهبان درآمد.
یک سال بعد در اول مرداد ۱۳۸۷ رضا استادی از سمت خود به عنوان یکی از فقهای شورای نگهبان استعفا داد، او علت استعفای خود را مخالفت با وظیفه شورای نگهبان درباره رد یا تایید صلاحیت نامزدهای انتخابات ریاست جمهوری و مجلس اعلام کرده بود. دو ماه بعد در مهر ۱۳۸۷ محمد حسن قدیری از فقهای دور چهارم شورای نگهبان در سن ۷۰ سالگی درگذشت.
مرداد ۸۸ و پس از پایان ریاست ۱۰ ساله هاشمی شاهرودی بر قوه قضاییه، آیت الله خامنه ای طی حکمی صادق لاریجانی را به عنوان رئیس قوه قضائیه و در حکمی دیگر محمود هاشمی شاهرودی را به عنوان جانشین وی در شورای نگهبان منصوب کرد.
در ۲۹ آذر ۱۳۸۸ ابراهیم عزیزی به دلیل این که از سوی دولت دوم احمدی نژاد به سمت معاونت برنامه ریزی و راهبردی ریاست جمهور منصوب شده بود از سمت خود استعفا داد. آملی لاریجانی رئیس وقت قوه قضائیه عباسعلی کدخدایی و احمد بیگی حبیب آبادی را بار دیگر به مجلس معرفی کرد که در نهایت عباسعلی کدخدایی در ۱۹ آبان ۱۳۸۸ با کسب رای لازم از مجلس وارد شورای نگهبان شد.
در این دوره از شورای نگهبان مجموعا ۱۴ نفر شامل ۷ فقیه و ۷ حقوقدان حضور داشته اند.
دوره پنجم شورای نگهبان از حیث نظارت بر انتخابات بسیار پرتنش و پر حادثه دنبال شد. در این دوره شورا بر انتخاباتهای ریاست جمهوری نهم، خبرگان چهارم، مجلس هشتم و ریاست جمهوری دهم نظارت کرد.
نظارت شورا در انتخابات نهمین دوره ریاست جمهوری منجر به رد صلاحیت ۱۰۰۲ نفر از ۱۰۱۰ کاندیدای انتخابات شد. این نظارت در انتخابات خبرگان چهارم باعث رد صلاحیت ۳۲۹ نفر از مجموع ۴۹۳ کاندیدای خبرگان شد. در انتخابات مجلس هشتم این روند ادامه یافت به گونهای که ۲۰۹۷ نفر از ۷۵۹۸ کاندیدا این مجلس با مهر رد صلاحیت مواجه شدند.
اما پر تنشترین انتخاباتی که شورای نگهبان تا امروز در آن نقش داشته انتخابات ریاست جمهوری دهم در سال ۱۳۸۸ بود انتخاباتی که علاوه بر رد صلاحیت ۴۷۱ نفر و تایید تنها ۴ نامزد برای حضور در رقابت عمومی، در نهایت باعث ظهور یک جنبش سیاسی اجتماعی میلیونی در میان مردم ایران شد.
دوره پنجم در عرصه قانونگذاری نیز دوره پر رفت و آمدی بود. در این دوره کنوانسیونهای کنترل دخانیات، مبارزه با فساد رد شدند! طرحهای تجمیع انتخابات و رسیدگی به دارایی مقامات و حتی طرح تشکیل شورای عالی خانواده نیز در این دوره از سوی شورای نگهبان مغایر با قانون اساسی و شرع تشخیص داده شدند. تایید طرح ساماندهی مد و لباس نیز یکی دیگر از اقدامات شورای نگهبان در راستای کنترل پوشش عمومی بود.
در دروه پنجم، شورای نگهبان ۱۵ بار به تفسیر قانون اساسی پرداخت. در این دوره دو تفسیر از اصل ۱۷۰و تفاسیری از اصول ۴-۹۱-۹۹-۱۳۵-۱۶۹-۷۵-۱۰۲-۵۵-۱۲۶و ۱۴۱ قانون اساسی توسط شورا ارائه شد.
نکته قابل توجه اینکه شورای نگهبان در تاریخ ۶ خرداد ۱۳۸۶ برای اولین بار نتوانست تفسیر خود از اصل ۱۴۱ قانون اساسی را اعلام کند. شورا در پاسخ به این سوال که آیا عضویت در شورای نگهبان شغل محسوب میشود و مصداق اصل ۱۴۱ قانون اساسی میباشد یا خیر، بعد از بحث و بررسی به نظر تفسیری نرسید.