شورای نگهبان برای اولین بار لایحه بودجه دولت دوم محمد خاتمی برای سال 1380 که از سوی مجلس ششم تصویب شده بود را مغایر با شرع و قانون اساسی اعلام کرد و اختلافات بین مجلس و شورای نگهبان حل نشد تا کار به ورود مجمع تشخیص مصلحت نظام برسد و در نهایت لایحه بودجه سال 80 توسط مجمع تشخیص مصلحت مورد تصویب قرار گرفت و نظر مجلس ششم تایید شد.
