پدر همسرش آیت الله مظاهری از علمای اصفهان بود. علی جنتی پسر آیت الله جنتی مدعی است محمد خاتمی رئیس جمهور اسبق ایران مدتی در اصفهان شاگرد آیت الله مظاهری بوده است.

همسر اول آیت الله جنتی، صدیقه مظاهری، در سال ۱۳۹۴ به دلیل کهولت سن درگذشت. آیت الله جنتی از او چهار پسر داشت که اولی عضو سازمان مجاهدین خلق بود و پس از مدتها زندگی مخفی در سال ۱۳۶۱ کشته شد (اعدام شد.) سایت انتخاب در بیان این ماجرا می نویسد: «محمدحسین جنتی فرزند آیت‌الله جنتی است که از سالهای پیش از انقلاب به عضویت سازمان مجاهدین خلق در آمد. وی به همراه این سازمان به مبارزه علیه رژیم شاه پرداخت؛ او پس از پیروزی انقلاب اسلامی و حتی پس از مواضع خصمانه این سازمان منافق علیه نظام اسلامی، از آنان جدا نشد و به مبارزه مسلحانه علیه نظام جمهوری اسلامی پرداخت؛ از آنجا که پس از اعلان جنگ مسلحانه سازمان منافقین علیه جمهوری اسلامی، برخورد با آنان در دستور کار قرار گرفته بود، برخورد با افرادی مانند محمدحسین جنتی نیز از همین موارد بود؛ اما، آیت‌الله جنتی هیچ دخالتی در این امر نکرد تا نظام به وظیفه خود عمل کند؛ در نتیجه فرزند وی در درگیری با پاسداران انقلاب اسلامی کشته شد و حضرت آیت‌الله از بابت این برخورد نظام انقلابی، خم به ابرو نیاورد. حتی گفته می‌شود که فرزند ایشان، نه در درگیری، که با حکم دادگاه به اعدام محکوم شده و ایشان نیز سکوت کرده اند؛ و همچنین از برخی افراد روایت شده که آیت الله جنتی نذر کرده بوده که اگر پسرش حسین جنتی که فراری است و روند انقلاب را قبول ندارد دستگیر یا اعدام شود ۴۰ روز روزه شکر بگیرد»

عروس اش، فاطمه سروری، همسر حسین جنتی نیز عضو سازمان مجاهدین بود که پس از کشته شدن شوهرش از ایران گریخت و تا رده های بالای سازمان پیش رفت تا نهایتا در عملیات «مرصاد» یا «فروغ جاویدان» کشته شد. تنها نوه‌‌ای که از این پسرش برایش باقی مانده بود محسن بود که چند سال پیش به عنوان بسیجی فعال در گشت امر به معروف در سن جوانی کشته شد.

آیت الله جنتی در خصوص اعدام پسرش حسین می‌گوید: «ما به اسلام و انقلاب و نظام بیش از فرزند علاقه مند هستیم؛ فرزندی که راه خود را از ما جدا می‌کند طبیعی است که...»

پسر دیگرش علی، همواره بعد از انقلاب سمتی سیاسی برعهده داشته است. او شباهتی به پدر ندارد و علاقه‌اش به آیت الله هاشمی چهره‌ای تکنوکرات از او ساخته است. در دوران ریاست جمهوری محمود احمدی نژاد به سفیر ایران در کویت شد. او با انتخاب حسن روحانی و تایید مجلس، وزارت فرهنگ و ارشاد اسلامی را برعهده گرفت ولی سه سال بعد مجبور به استعفا شد، استعفایی که بی ارتباط با انتقاد روحانیون از جمله پدرش از وضعیت فرهنگی کشور نبود هرچند او می گوید: «من فقط به ایشان (احمد جنتی) اطلاع دادم.».

دیگر پسرش «محمد» سالهاست در سازمان تبلیغات اسلامی کار می کند و به رتق و فتق امور پدر در شورای هماهنگی تبلیغات اسلامی مشغول است. او متخصص برق است.

چهارمین پسرش «حسن» اما هیچ شباهتی به پدر و برادران اش ندارد. نه به سیاست مشغول است و نه به علوم حوزوی. او رشته نجاری را پیشه کرده و در زادگاه پدر به این حرفه مشغول است.

احمد جنتی در سن ۹۱ سالگی و پس از فوت همسر اول اش، مجدد ازدواج کرد. علی جنتی پسرش در این خصوص می گوید: «بعد از فوت مادر،‌ ازدواج کرده‌اند. چون سن ایشان بالاست و نیاز به مراقبت دارند. بعد از فوت والده، من یا برادرم باید شب‌ها در کنار ایشان می‌ماندیم یا ایشان را به منزل خودمان دعوت می‌کردیم که شب‌ها تنها نباشند و امکان مراقبت از ایشان فراهم شود. این وضعیت نمی‌توانست ادامه پیدا کند. باید فردی دائما از ایشان مراقبت می‌کرد. از این منظر معتقدم کار درستی انجام دادند.»

محمد حسن صادقی مقدم عضو حقوقدان شورای نگهبان در خصوص سبک زندگی آیت الله جنتی می گوید: «ایشان اهل نوافل روز و شب و.. هستند، اهل شنا هستند و آنچه كه ما می‌بینیم ایشان منزلشان پشت دفتر كارشان است. یك منزل قدیمی سرایداری است. همان در و پنجره‌های قدیمی و خانه كهنه ساخت كه خیلی ساده است و تجملی در آن دیده نمی‌شود زندگی می‌كنند. ساعت ۸ ایشان سركار هستند چه جلسه داشته باشند و چه نداشته باشند. نماز ظهر را می‌خوانند كه با این ساعت حدود ساعت ۱ می شود و بعد تشریف می برند منزل استراحت و ناهار و دوباره بعد از ظهر می آیند سركار، حدود ساعت ۳-۴ بعد از ظهر تا نماز مغرب را می‌خوانند و بعد به منزل می‌روند. و در واقع همیشه در دسترس هستند. پنجشنبه و جمعه هم در دسترس هستند. در موقع انتخابات نیز شبانه روزی كار می كنند و روزهای تعطیل هم وقت می گذارند.»