ورود شورای نگهبان به فعالیتهای انتخاباتی به ۲۳ تیر ۱۳۶۰ برمیگردد. در این تاریخ شورا قانون انتخابات ریاست جمهوری را که توسط مجلس تصویب شده بود تایید کرد. چهار روز بعد شورای نگهبان اولین رد صلاحیتهای تاریخ جمهوری اسلامی را اعمال کرد تا انتخابات دومین دوره ریاست جمهوری با رد صلاحیت ۶۷ نفر و تایید تنها ۴ نفر برگزار شود.
در آبان همان سال به هنگام برگزاری سومین دور انتخابات ریاست جمهوری شورای نگهبان با رد صلاحیت۴۲ نامزد انتخاباتی، بار دیگر صلاحیت تنها ۴ نفر را تایید کرد.
روند رد صلاحیتها در فروردین ۶۳ به انتخابات مجلس دوم رسید. در این دور۳۲۱ نامزد رد صلاحیت شدند. اما در تیرماه ۱۳۶۴ شورای نگهبان با تایید لایحه پیشنهادی دولت به مجلس، برای اولین بار مسئولیت نظارت بر انتخابات ریاست جمهوری را برعهده گرفت.
چند روز بعد در انتخابات ریاست جمهوری چهارم شورای نگهبان با رد صلاحیت ۴۷ نفر از ۵۰ نامزد انتخاباتی نقش پر رنگ خود را برای همیشه در انتخابات ریاست جمهوری به رخ همگان کشید.
دور دوم همراه بود با برگزاری انتخاباتهای مجلس سوم، چهارم، خبرگان رهبری دوم و ریاست جمهوری پنجم. شورای نگهبان در انتخابات مجلس سوم از ۱۰۹۶ کاندیدای مجلس صلاحیت ۲۹۱ را تایید نکرد. در این دوره با بالا گرفتن اختلافات میان وزارت کشور و شورای نگهبان برخی از ناظران این شورای در تهران و به دستور فرمانداری این شهر بازداشت شدند.
رد صلاحیت ۷۷ نفر از میان ۷۹ کاندیدای انتخابات ریاست جمهوری پنجم یکی دیگر از اقدامات جالب توجه شورای نگهبان در این دوره بوده است. ایده نظارت استصوابی در سالهای پایانی این دوره به اجرا درآمد….
شورای نگهبان در سومین دوره خود بر انتخاباتهای مجلس پنجم، ریاست جمهوری ششم، ریاست جمهوری هفتم نظارت کرده است. به موجب همین نظارت شورای نگهبان در انتخابات مجلس پنجم از ۵۳۶۵ نامزد انتخاباتی، صلاحیت ۲۰۸۹ را رد کرد. در ۲۱ خرداد ۱۳۷۲ صلاحیت ۱۲۴ نفر از نامزدهای انتخابات ریاست جمهوری ششم را رد کردند تا تنها ۴ نفر (اکبر هاشمی رفسنجانی، احمد توکلی، رجبعلی طاهری و عبدالله جعفرعلی جاسبی) امکان رقابت عمومی را پیدا کنند. رد صلاحیتها در انتخابات ریاست جمهوری هفتم نیز ادامه داشت به گونهای که از ۲۳۸ نامزد انتخاباتی، تنها صلاحیت چهار نفر برای رقابت عمومی تایید شد.
چهارمین دوره شورای نگهبان همزمان بود با برگزاری انتخابات مجلس خبرگان سوم، مجلس ششم، ریاست جمهوری هشتم و مجلس هفتم. در این دوره همچون سنوات پیشین رد صلاحیتها ادامه داشت به گونهای که از ۳۹۶ نفر نامزد انتخابات مجلس خبرگان صلاحیت ۲۱۴ نفر رد شد. انتخابات مجلس ششم اما علاوه بر رد صلاحیت ۶۹۹ نفر از ۶۸۵۳ کاندیدا، کار به بازشماری آرا و حتی ابطال ۵۳۴ صندوق رای کشیده شد. در هشتمین انتخابات ریاست جمهوری نیز این شورا با رد صلاحیت ۸۰۴ کاندیدای انتخاباتی تنها صلاحیت ۱۰ نفر را برای حضور در رقابت عمومی تایید کرد.
انتخابات هفتمین دوره مجلس با رد صلاحیت ۳۶۱۰ نامزد انتخاباتی از میان ۸۱۶۹ کاندیدا همراه بود. در این دوره از انتخابات، شورای نگهبان صلاحیت نفر از نمایندگان مجلس ششم را رد کرد که این اتفاق منجر به تحصن نمایندگان مجلس شد.
دوره پنجم شورای نگهبان از حیث نظارت بر انتخابات بسیار پرتنش و پر حادثه دنبال شد. در این دوره شورا بر انتخاباتهای ریاست جمهوری نهم، خبرگان چهارم، مجلس هشتم و ریاست جمهوری دهم نظارت کرد.
نظارت شورا در انتخابات نهمین دوره ریاست جمهوری منجر به رد صلاحیت ۱۰۰۲ نفر از ۱۰۱۰ کاندیدای انتخابات شد. این نظارت در انتخابات خبرگان چهارم باعث رد صلاحیت ۳۲۹ نفر از مجموع ۴۹۳ کاندیدای خبرگان شد. در انتخابات مجلس هشتم این روند ادامه یافت به گونهای که ۲۰۹۷ نفر از ۷۵۹۸ کاندیدا این مجلس با مهر رد صلاحیت مواجه شدند.
اما پر تنشترین انتخاباتی که شورای نگهبان تا امروز در آن نقش داشته انتخابات ریاست جمهوری دهم در سال ۱۳۸۸ بود انتخاباتی که علاوه بر رد صلاحیت ۴۷۱ نفر و تایید تنها ۴ نامزد برای حضور در رقابت عمومی، در نهایت باعث ظهور یک جنبش سیاسی اجتماعی میلیونی در میان مردم ایران شد.
در این دوره نظارت بر انتخاباتهای مجالس نهم و دهم، ریاست جمهوری یازدهم و خبرگان پنجم بر عهده شورای نگهبان بود. حاصل نظارت شورای نگهبان بر انتخابات مجلس نهم رد صلاحیت ۳۴۴۴ نفر از ۵۲۸۳ کاندیدای انتخاباتی بود. در انتخابات ریاست جمهوری یازدهم تنها ۸ نفر توانستند از سد شورای نگهبان عبور کنند و مابقی ۶۷۸ کاندیدای انتخاباتی همگی رد صلاحیت شدند. اکبر هاشمی رفسنجانی سرشناسترین چهرههای رد صلاحیت شده توسط شورا بود. در انتخابات خبرگان پنجم نیز آمار رد صلاحیتها کاماکان بالا بود. در این دور شورای نگهبان صلاحیت ۶۴۰ نفر منجمله تمامی ۱۶ کاندیدای زن و همچنین افرادی نظیر سید حسن خمینی و یا محمد رضا عباسی فرد عضو سابق شورای نگهبان رد شد. رد صلاحیت مینو خالقی پس از انتخاب توسط مردم اصفهان یکی دیگر از تصمیمات پر حاشیه شورا در این دوره بوده است.
شورای هفتم تا به امروز تنها بر انتخابات ریاست جمهوری دوازدهم نظارت کرده است. انتخاباتی که با رد صلاحیت ۱۶۳۰ نفر از ۱۶۳۶ کاندیدای ریاست جمهوری در سال خرداد ۱۳۹۶ برگزار شد. میزان رد صلاحیتها در این دوره برابربا ۹۹.۶٪ بوده است که این بیشترین درصد رد صلاحیت در تاریخ جمهوری اسلامی است.