در یکم اسفند ۱۳۵۸ آیت الله روح الله خمینی، در حکمی، شش روحانی را به عضویت در فقهای شورای نگهبان منصوب کرد. تیرماه سال بعد شورای عالی قضایی ۱۲ نفر را به مجلس شورای اسلامی معرفی کرد تا سرانجام در ۲۶ تیر ۱۳۵۹ با رای مجلس شش حقوقدان شورای نگهبان هم مشخص شدند تا این روز به عنوان روز تاسیس شورای نگهبان در تاریخ ثبت شود. 

اولین دوازده نفر عضو شورای نگهبان عبارت بودند از:

فقها: لطف‌الله صافی گلپایگانی، احمد جنتی، یوسف صانعی، غلامرضا رضوانی، عبدالرحیم ربانی شیرازی و محمد رضا مهدوی کنی

حقوقدانان: محمد صالحی، گودرز افتخار جهرمی، محسن هادوی، مهدی هادوی، علی آراد و حسین مهرپور

در این دوره محمدرضا مهدوی کنی ابتدا به عنوان دبیر موقت انتخاب شد. او پس از ۵ ماه با استعفا از شورای نگهبان به عنوان وزیر کشور مشغول به کار شد.

 پس از مهدوی کنی،  لطف الله صافی گلپایگانی به عنوان دبیر شورای نگهبان انتخاب شد. با خروج مهدوی کنی از شورای نگهبان ابوالقاسم خزعلی جانشین او شد. کمی بعد محمد مهدی رباني شيرازي در بهمن سال ۱۳۵۹ در تصادفي مشكوك از دنیا رفت تا مجددا  محمد رضا مهدوي کني با حكم آیت الله خميني به عضویت شورا در آید.

یوسف صانعي در ۱۹ ديماه سال۱۳۶۱ از جمع فقهای شورای نگهبان استعفا داد و در دی ماه ۱۳۶۱ محمد مهدی رباني املشي به جای وی به عضويت شورای نگهبان منصوب شد. 

در تیر ماه ۶۲ پس از گذشت سه سال از تشكيل شوراي نگهبان، مطابق اصل ۹۲ قانون اساسی میان اعضای حقوقدان این شورا قرعه کشي انجام شد و عضويت آقايان مهدي هادوي، محسن هادوي و گودرز افتخار جهرمي به پایان رسید. با خروج این افراد از شورای نگهبان، شورای عالی قضایی ۹ نفر را به مجلس معرفی کرد. سرانجام آقایان جلال الدین مدنی، خسرو بیژنی و حسن فاخری جایگزین ۳ حقوقدان پیشین شورای نگهبان شدند. 

در این دوره از شورای نگهبان مجموعا ۱۹ نفر شامل ۱۱ فقیه و ۸ حقوقدان حضور داشته اند. 

در ۲۶ تیر ۱۳۶۵ آیت الله خمینی طی حکمی احمد جنتي، لطف الله صافی گلپایگانی و ابوالقاسم خزعلي را به عنوان فقهای شورای نگهبان انتخاب کرد. شوراي عالي قضايي نیز ۸ نفر را به عنوان حقوقدان به مجلس معرفی کرد که پس از رای گیری آقایان حسين مهرپور، گودرز افتخار جهرمى و محمدرضا عليزاده به عضویت حقوقدانان شورای نگهبان درآمدند. 

در۴ تیرماه ۱۳۶۷صافی گلپایگانی در هشتمین سال دبیری شورای نگهبان در اعتراض به اختلافات در انتخابات مجلس سوم و مخالفت با نظرات آیت الله خمینی از عضویت در این شورا کناره گیری کرده و به قم بازگشت. در همین روز محمد یزدی به جای وارد شورا شد. پس از این کناره گیری، محمد محمدی گیلانی به مدت ۴ سال دبیری شورا را بر عهده گرفت. 

در ۲۵ تیر ۱۳۶۸ قوه قضاییه شش حقوقدان شامل  حسن فاخری، حسن حبیبی، احمد علیزاده، حسین شایگان، محمود فهیمی و حسین دادگر را برای عضویت در شورای نگهبان به مجلس معرفی کرد که پس از رای گیری حسن فاخری، حسن حبیبی و احمد علیزاده به عنوان حقوقدان شورای نگهبان انتخاب شدند.

در این دوره از شورای نگهبان مجموعا ۱۵ نفر شامل ۷ فقیه و ۸ حقوقدان حضور داشته اند. 

سوم تیر ماه ۱۳۷۱ قوه قضائیه شش نفر شامل آقایان محمدرضا علیزاده ، محمدرضا عباسی فرد، خسرو بیژنی، علی آراد؛ جلال الدین مدنی کرمانی و محمود فهیمی را به مجلس معرفی کرد و پس از رای گیری محمد رضا علیزاده، محمد رضا عباسی فرد و خسرو بیژنی به عنوان حقوقدان شورای نگهبان انتخاب شدند. چند هفته بعد در ۲۶ تیر ماه ۷۱ آیت الله خامنه ای آقایان جنتی، رضوانی و خزعلی را برای یک دوره دیگر به عنوان فقهای شورای نگهبان منصوب کرد.

در یازده اسفند ۱۳۷۳محمد محمدی گیلانی به عنوان رئیس دیوان عالی کشور انتخاب شد و بدین ترتیب از عضویت در شورای نگهبان استعفا داد. از این روز به بعد، احمد جنتی به عنوان دبیر شورای نگهبان کار خود را آغاز کرد. 

یک سال بعد در ۲۴ تیر ۱۳۷۴ آیت الله خامنه ای طی حکمی آقایان شاهرودی، امامی کاشانی و مومن قمی را برای یک دوره دیگر به عنوان فقهای شورای نگهبان منصوب کرد. دو رو بعد در ۲۶ تیر ۱۳۷۴ قوه قضائیه احمد علیزاده، حسن حبیبی، رضا زواره ای، گودرز افتخار جهرمی، حسین مهرپور و حسن فاخری را به مجلس معرفی کرد و سرانجام احمد علیزاده، حسن حبیبی و رضا زواره ای به عنوان حقوقدانان جدید شورای نگهبان انتخاب شدند.

رضا زواره‌اي در تابستان سال ۱۳۷۵ به دليل كانديداتوري در انتخابات رياست جمهوري ۷۶ استعفا داد. رئيس قوه قضائيه اسماعيل فردوسي پور و علی آراد را به مجلس معرفي کرد که با استعفای اسماعیل فردوسی پور از شرکت در رأي‌گيري  علي آراد به عنوان جايگزين زواره‌ای انتخاب شد.

در این دوره از شورای نگهبان مجموعا ۱۵ نفر شامل ۷ فقیه و ۸ حقوقدان حضور داشته اند. 

در ۱۷ تیر۱۳۷۷ محریاست وقت قوه قضاییه هشت حقوقدان را به مجلس معرفی کرد که از میان محمدرضا علیزاده، محمدرضا عباسی فرد، رضا زواره ای، حسن فاخری، عزت الله یوسفیان ملا، نصیری سواد کوهی، احمد میرزایی و مهریار سه نفر اول به عنوان حقوقدان به عضویت شورای نگهبان درآمدند. یک هفته بعد آیت الله خامنه ای آقایان جنتی، رضوانی و خزعلی را برای یک دوره دیگر به عضویت فقهای شورای نگهبان منصوب کرد. 

یک سال بعد در اول مرداد ۱۳۷۸ و با انتصاب هاشمی شاهرودی به ریاست قوه قضائیه، وی از شورا خارج شد تا جای او را، محمد یزدی رئیس پیشین قوه قضائیه بگیرد. چند روز بعد در ۱۲ مرداد همان سال، ابوالقاسم خزعلی و امامی کاشانی دو تن از فقهای شورای نگهبان از سمت خود استعفا دادند و آقایان طاهری خرم آبادی و رضا استادی به جای آنها وارد شورای نگهبان شدند.  خزعلی دلیل استعفای خود را دلخوری از انتقادات به عدم ساده زیستی او و خانواده اش اعلام کرده بود. 

در ۲۵ تیر ۱۳۸۰ طاهری خرم آبادی از سمت خود در شورای نگهبان استعفا داد تا محمد حسن قدیری به جای وی به عضویت فقهای شورای نگهبان درآید. در همین روز طی حکمی  محمد مومن و محمد یزدی مجددا و صادق آملی لاریجانی برای نخستین بار به عنوان فقهای شورای نگهبان منصوب شدند.

شورای نگهبان برای اولین بار در تاریخ خود از ۲۶ تیر ۱۳۸۰ صاحب سخنگو شد و ابراهیم عزیزی (عضو حقوقدان) به عنوان نخستین سخنگوی شورای نگهبان انتخاب شد. 

در فاصله تیر و مرداد ۱۳۸۰ اختلافات میان قوه قضائیه، شورای نگهبان و مجلس ششم بالا گرفت. مجلس ششم که در دست مخالفان سیاسی شورای نگهبان قرار داشت تصمیم گرفت تا در برابر معرفی نامزدهای شورای نگهبان مقاومت کند. 

قوه قضائیه شش حقوقدان شامل ابراهیم عزیزی، حسین میرمحمد صادقی، عباس کریمی، محسن اسماعیلی، و غلامحسین الهام را به مجلس معرفی کرده بود، اما تنها ابراهیم عزیزی توانست آرا لازم را کسب کند،  قوه قضاییه بار دیگر فضل الله موسوی و ابوالفضل الموتیان را به مجلس معرفی کرد اما باز هم هیچ کدام انتخاب نشدند تا این معضل به عنوان اختلاف مجلس و قوه قضائیه از طرف رهبر جمهوری اسلامی به مجمع تشخیص مصلحت نظام واگذار شود، مجمع دوباره از رییس قوه قضائیه خواست چهار نفر دیگر را معرفی کند که قوه قضانیه باز هم همان چهار نفر قبلی را معرفی کرد و مجلس هم دوباره به هیچ کدام رای نداد و تصمیم بر آن شد یک بار دیگر رای گیری شود و در نهایت عباسعلی کدخدایی و محسن اسماعیلی به شورای نگهبان راه یافتند.

در تیر ۱۳۸۲ غلامحسین الهام به عنوان دومین سخنگوی شورای نگهبان معرفی شد. چند ماه بعد در ۲۱ آبان ۱۳۸۲محمد رضا عباسی فرد عضو حقوقدان شورای نگهبان جهت نامزدی در انتخابات مجلس هفتم از سمت خود استعفا داد تا رئیس وقت قوه قضائیه برای جانشینی او فضل الله موسوی و غلامحسین الهام را به مجلس معرفی کند که البته هیچ کدام رای نیاوردند.

در این دوره از شورای نگهبان مجموعا ۱۸ نفر شامل ۱۰ فقیه و ۸ حقوقدان حضور داشته اند. 

در ۲۶ تیر ۱۳۸۳آیت الله خامنه ای طی حکمی جنتی و رضوانی را مجدد و مدرسی یزدی را برای اولین بار به عنوان فقهای شورای نگهبان منصوب کرد. در همین روز هاشمی شاهرودی رئیس وقت قوه قضائیه پنج حقوقدان را به مجلس معرفی کرد که از بین آقایان محمدرضا علیزاده، غلامحسین الهام، عباس کعبی، فیروز اصلانی و جمال کریمی راد، سه نفر اول به عنوان حقوقدان به عضویت شورای نگهبان درآمدند.

در اول آذر ۱۳۸۴ عباسعلی کدخدایی به عنوان سومین سخنگوی شورای نگهبان انتخاب شد و  تا سال ۱۳۹۲ بی وقفه در این سمت فعالیت کرد. کدخدایی در فاصله سال‌های ۸۶-۸۸ نتوانست رای لازم را از مجلس بدست آورد و وارد شورای نگهبان شود اما همچنان به عنوان سخنگوی شورا فعال بود. 

در ۲۶ خرداد ۱۳۸۶ در اتفاقی نادر پس از استعلام رئیس مجلس از شورای نگهبان در مورد اینکه «آیا عضویت در شورای نگهبان شغل محسوب می شود؟» اعضای شورا نتوانستند در این مورد به جمع بندی مشخصی برسند!

در تیرماه ۱۳۸۶ مجددا آیت الله خامنه ای طی حکمی آقایان محمد یزدی، محمد مومن و صادق لاریجانی را به عنوان فقهای شورای نگهبان منصوب کرد. هاشمی شاهرودی رئیس وقت قوه قضاییه نیز شش حقوقدان شامل محسن اسماعیلی، حسینعلی امیری، ابراهیم عزیزی، عباسعلی کدخدایی، علی رازینی، و محمد صادق موسوی را به مجلس معرفی کرد که دو نفر اول یعنی محسن اسماعیلی و حسینعلی امیری حائز رای لازم شدند و برای انتخاب نفر سوم، قوه قضائیه بار دیگر چهار نفر قبلی را معرفی کرد که این بار ابراهیم عزیزی به عضویت شورای نگهبان درآمد.

یک سال بعد در اول مرداد ۱۳۸۷ رضا استادی از سمت خود به عنوان یکی از فقهای شورای نگهبان استعفا داد، او علت استعفای خود را مخالفت با وظیفه شورای نگهبان درباره رد یا تایید صلاحیت نامزدهای انتخابات ریاست جمهوری و مجلس اعلام کرده بود. دو ماه بعد در مهر ۱۳۸۷ محمد حسن قدیری از فقهای دور چهارم شورای نگهبان در سن ۷۰ سالگی درگذشت. 

مرداد ۸۸ و پس از پایان ریاست ۱۰ ساله هاشمی شاهرودی بر قوه قضاییه، آیت الله خامنه ای طی حکمی صادق لاریجانی را به عنوان رئیس قوه قضائیه و در حکمی دیگر محمود هاشمی شاهرودی را به عنوان جانشین وی در شورای نگهبان منصوب کرد.

در ۲۹ آذر ۱۳۸۸ ابراهیم عزیزی به دلیل این که از سوی دولت دوم احمدی نژاد به سمت معاونت برنامه ریزی و راهبردی ریاست جمهور منصوب شده بود از سمت خود استعفا داد. آملی لاریجانی رئیس وقت قوه قضائیه عباسعلی کدخدایی و احمد بیگی حبیب آبادی را بار دیگر به مجلس معرفی کرد که در نهایت عباسعلی کدخدایی در ۱۹ آبان ۱۳۸۸ با کسب رای لازم از مجلس وارد شورای نگهبان شد. 

در این دوره از شورای نگهبان مجموعا ۱۴ نفر شامل ۷ فقیه و ۷ حقوقدان حضور داشته اند. 

در ۲۴ تیر ۱۳۸۹ آیت الله خامنه ای طی حکمی مجددا آقایان جنتی و رضوانی و مدرسی یزدی را به عنوان فقهای شورای نگهبان انتخاب کرد. رئیس وقت قوه قضائیه، صادق آملی لاریجانی نیز پنج حقوقدان شامل محمدرضا علیزاده، محمد سلیمی، سیامک ره پیک، محمد هادی صادقی و احمد بیگی حبیب آبادی را به عنوان نامزد عضویت در شورای نگهبان به مجلس معرفی کرد که سه نفر اول به شورای نگهبان راه یافتند. 

در ۳۱ فروردین ۱۳۹۲غلامرضا رضوانی عضو فقهای شورای نگهبان در دوره‌های اول، سوم، چهارم، پنجم و ششم پس از ۳۴ عضویت در شورای نگهبان درگذشت. چند ماه بعد در تیر ۱۳۹۲ آیت الله خامنه ای طی حکمی محمدمهدی شب زنده دار را به عنوان جانشین غلامرضا رضوانی و آقایان محمد یزدی، هاشمی شاهرودی، و محمد مومن قمی را مجدد به عنوان فقهای جدید شورای نگهبان منصوب کرد. در همین زمان صادق لاریجانی رئیس وقت قوه قضائیه چهار حقوقدان را به مجلس معرفی کرد که پس از رای گیری محسن اسماعیلی، سام سوادکوهی، نجات ابراهیمیان حائز آرایلازم شدند و به شورای نگهبان راه یافتند اما سخنگوی شورای نگهبان یعنی عباسعلی کدخدایی از راهیابی باز ماند.

در تیرماه ۱۳۹۳ نجات الله ابراهیمیان به عنوان سخنگوی شورا انتخاب شد. پیش از آن یعنی از تیر ماه ۹۲ تا تیر ماه ۹۳ شورای نگهبان هیچ سخنگویی نداشت.

۱۸ ماه بعد در ۲۶ دی ماه ۱۳۹۴ نجات الله ابراهیمیان سخنگوی شورای نگهبان به دلیل اختلاف نظر با اعضای شورا به ویژه احمد جنتی دبیر شورای نگهبان از سمت خود استعفا داد اما مورد موافقت اعضای شورای نگهبان قرار نگرفت. ابراهیمیان اعلام کرده بود نیازی به موافقت اعضای شورای نگهبان با استعفایش ندارد.

در این دوره از شورای نگهبان مجموعا ۱۵ نفر شامل ۷  فقیه و ۸ حقوقدان حضور داشته اند. 

دور هفتم شورای نگهبان در ۲۳ تیر ۱۳۹۵ و با معرفی ۵ حقوقدان به مجلس از سوی صادق لاریجانی ریاست وقت قوه قضائیه، آقایان عباسعلی کدخدایی، محمدرضا علیزاده، فضل‌الله موسوی موفق به کسب رای موافق نمایندگان مجلس برای حضور در جمع حقوقدانان شورای نگهبان شدند. یک روز بعد آیت الله خامنه ای طی حکمی مجددا جنتی، هاشمی شاهرودی و محمد مدرسی یزدی را به عنوان فقهای شورای نگهبان مجدد منصوب کرد.

سوم دی ماه ۱۳۹۷ هاشمی شاهرودی از فقهای شورای نگهبان در دوره‌های سوم تا هفتم و رئيس سابق قوه قضائیه ایران پس از مدت‌ها بیماری درگذشت. چند روز پس از درگذشت هاشمی شاهرودی، در ۹ آذر ۱۳۹۷ آیت الله خامنه ای طی حکمی صادق لاریجانی رئیس پیشین قوه قضائیه ایران را به عنوان عضو فقهای شورای نگهبان منصوب کردند.

دو ماه بعد محمد مومن پس از ۳۵ سال عضویت در فقهای شورای نگهبان درگذشت. پس از آن آیت الله خامنه ای در تیرماه ۱۳۹۸ طی حکمی علیرضا اعرافی رئیس جامعه المصطفی را به عنوان جانشین محمد مومن به عنوان عضو فقهای شورای نگهبان منصوب کرد و حکم آقایان محمد یزدی و صادق لاریجانی در این شورا را تمدید کرد.

۲۵ تیر ۱۳۹۸ همراه بود با انتخاب حقوقدانان جدید شورا از سوی نمایندگان مجلس. پیشتر ابراهیم رئیسی ریاست جدید قوه قضائیه آقایان علی غلامی، هادی طحان نظیف، محمد دهقان و محمد حسن صادقی مقدم و  عبدالحمید مرتضوی را به مجلس معرفی کرده بود که با رای و نظر نمایندگان آقایان هادی طحان‌نظیف، محمدحسن صادقی‌مقدم و محمد دهقان به عضویت در جمع حقوقدانان شورای نگهبان درآمدند.

در این دوره از شورای نگهبان مجموعا ۱۸ نفر شامل ۸ فقیه و ۱۰ حقوقدان حضور داشته اند.